Nun dann hast du bei der Installation was falsch gemacht.
Hier der Beweis das es funktioniert :
Alles Screenshots stammen von meiner aktuellen Skyrim SE Version ....
Du installierst erst das :
https://www.nexusmods.com/skyrim/mods/14976/?tab=description
Hier bitte im Installer NUR die " Atlas Legendary" auswählen, bei Punkt 2 kannst du dann die Art der Icons auswählen, wählst du hier " Modified SkyUI", bekommst du die Version Mismatch Meldung von SkyUI beim Aufrufen der Karte. Kann man umgehen, indem man in den Optionen von SkyUI die Versionüberprüfung von MAP.SWF deaktiviert.
Unter 3. kannst du dann " Compass Tweaks und Word Encounter " noch auswählen, dafür gibts aber keine deutsche Übersetzung.
Danach installierst du das :
https://www.nexusmods.com/skyrim/mods/74045
Ganz normal einfach installieren, und die vorhandenen Dateien überschreiben.
Und danach das :
https://www.nexusmods.com/skyrim/mods/78251
Und auch hier wieder die vorhandenen Dateien überschreiben.
Danach Loot aufrufen, wegen Ladereihenfolge von Mods und so, und Atlas Map Marker sollte funktionieren.
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Und wenn du das Installieren mit dem NMM nicht hinbekommst, weil das Mods von Skyrim LE sind ... Lade dir alle 3 Mods runter (Ohne Mod Manager), speichere sie in ein Verzeichnis, welches du wiederfindest, dann startest du Nexus Mod Manager, wählst Skyrim SE aus, und benutzt in der Mods Liste das dicke GRÜNE PLUS, welches da zu finden ist. Damit kannst du Mods die von Extern sind, im NMM hinzufügen.
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Verwendest du allerdings die Handinstallation oder sowas wie MO, kann ich dir nicht helfen.