Es wird standardmäßig wie beim entzippen in das aktive Verzeichnis entpackt. Wobei es wahrscheinlich noch irgendwo eine Einstellung gibt, den nativen Pfad zu verändern, ich hab aber keine Ahnung, wie...
Und das Problem mit dem überschreiben besteht, ja. Aber ich glaube, der User wird bei selbstextrahierenden Archiven gefragt, ob er die Datei überschreiben will. Aber wie schon gesagt, sorg einfach dafür, dass sich dene Mod-Dateien gar nicht mit einem anderen Mod übeschneiden können.