Das liegt daran, dass Skyrim die Texturen in den bsa's bevorzugt lädt, weil sie mit esp's geladen werden.
Deaktivier die esp's und trag die beiden bsa's in die Skyrim.ini ein:
sResourceArchiveList=Skyrim - Misc.bsa, Skyrim - Shaders.bsa, Skyrim - Textures.bsa, HighResTexturePack01.bsa, HighResTexturePack02.bsa, Skyrim - Interface.bsa, Skyrim - Animations.bsa, Skyrim - Meshes.bsa, Skyrim - Sounds.bsa
Dann funktionieren die Replacer wieder ganz normal.